すでに大学から在留資格認定証明書（COE）を受け取っていますが、最寄りの日本大使館/領事館に査証（ビザ）の申請ができていません。大丈夫でしょうか？

最寄りの日本大使館/領事館に査証（ビザ）の申請ができるようになったら申請をしてください。

もしも査証の申請をする前に、在留資格認定証明書に書いてある日から3か月以上が過ぎてしまう人は（有効期限が過ぎてしまう人は）、必ずこちらの質問も確認してください。